海上臺風將至，臨海市卻十分平靜，在這美麗的濱海城市里，隱藏著一個神秘感的走私巨頭“神仙”，他控制了臨海市的所有走私活動，操縱著臨海市的毒品市場，并用販毒、走私所得的黑錢，與國際金融寡頭合作在亞洲操縱股市。
市明星企業(yè)綠色農場老總汪克恩的弟弟汪克祥，利用他哥哥的農場，長年走私，操縱著一個大的走私集團，但也不例外受“神仙”的控制。
一個早已安排在走私集團內部的線人，在報告走私油輪進海線路時，被殺害在公用電話亭，緝私失敗，海警支隊一片混亂。此時，網從海軍學院畢業(yè)的方舟前來報到，卻被任命為1120緝私艇的艇長，心里極不是滋味，但由于受到緝私艇艇員的輕視，決心要干出個樣子。
方舟首戰(zhàn)告捷，一舉緝獲了溜進內海的走私油輪，令以汪克祥為首的走私集團大亂，涉嫌協(xié)助走私的臨海市海關劉關長畏罪自殺，汪克祥為逃避“神仙”的責難，竟與另一黑社會頭目“金魚”合作，黑吃黑，半途劫走一批正要進內海的大麻，卻沒想到這批大麻的主人竟是“神仙”。
以上僅僅是故事的開頭，方舟與“神仙”真正的較量才開始拉開序幕……
