《神秘博士 第三季》中，醫(yī)學生瑪莎·瓊斯在工作的醫(yī)院被運送到月球時與博士相遇并聯手，在氧氣耗盡前追捕外星難民。之后他們穿越時空，經歷諸多冒險，如遇到天使石像被困在過去，還與莎士比亞相遇等。在這一季中，博士的宿敵Master偽裝成薩克森首相掌控地球，將博士老化900年并關在籠子里，還把全地球人當做奴隸制造武器，準備挑起宇宙大戰(zhàn)。而瑪莎則花了一年時間環(huán)游世界，尋找能阻止時間部落威脅地球的四種化學品。最終，在人類心靈力量與大天使網絡的幫助下，博士復活，阻止了Master的陰謀。
