皮皮魯搶走了縮小芯片，帶舒克貝塔回家。為躲避捕鼠隊(duì)，三人從皮皮魯家逃至交易市場。捕鼠隊(duì)繼續(xù)追擊到這里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，與強(qiáng)大的機(jī)械狗、無人機(jī)對抗，老鼠科學(xué)家也來搶奪芯片。危急關(guān)頭，皮皮魯選擇縮小加西、方獵獵等，大家共同商議如何對付白客公司。同時，白客公司開始轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)室。舒克貝塔琪琪等開著飛機(jī)坦克和摩托車與白客公司交戰(zhàn)，奪回了實(shí)驗(yàn)室。但恢復(fù)芯片卻落入白客手中。皮皮魯改造升級了裝備幫助大家潛入。舒克貝塔終于找到恢復(fù)芯片，卻不幸被捕鼠隊(duì)長抓住，在監(jiān)獄見到了舊敵白路。原來他因放電功能被抓來做實(shí)驗(yàn)。在白路的幫助下，舒克等人得以逃脫。沒想到科學(xué)家潛入白客公司，控制了老板，大戰(zhàn)一觸即發(fā)?？茖W(xué)家與舒克白路等展開對抗，激戰(zhàn)中貝塔也被縮小?？茖W(xué)家占據(jù)上風(fēng)，要求用恢復(fù)芯片交換白路。害怕被舍棄的白路連夜逃走。第二天科學(xué)家打上門來，白路良心發(fā)現(xiàn)回到機(jī)場，但斗爭后科學(xué)家再次得勝，帶著白路乘坐航母離開。皮皮魯恢復(fù)了正常大小，被送回人類醫(yī)院救治。科學(xué)家來到克里斯王國，打算縮小貓公民們幫他生產(chǎn)芯片。老國王等人派出軍隊(duì)殊死抵抗，舒克貝塔等也前來救援?？茖W(xué)家縮小了部分貓公民，給他們打了聽話針。一番戰(zhàn)斗后，舒克等拿到了聽話針的解藥。老鼠科學(xué)家利用懸浮芯片，讓王宮拔地而起。科學(xué)家威脅舒克貝塔聽話，否則就要摔死大家。舒克、貝塔、琪琪、白路等攜手作戰(zhàn)。大決戰(zhàn)開始，舒克貝塔對戰(zhàn)科學(xué)家，白路保護(hù)皇宮，老國王等帶領(lǐng)民眾奮勇抵抗。一番搏斗后，舒克等終于聯(lián)手制服了老鼠科學(xué)家?？茖W(xué)家野心破滅，被關(guān)押在了克里斯王國。舒克貝塔等用解藥將大家恢復(fù)了原樣。迷途知返的白路得到了克里斯王國的勛章，雙方重歸于好。舒克貝塔開啟了新的冒險旅程。
